El órgano muestra algunas diferencias en su estructura comparado con otros órganos mamíferos. No tiene un grueso epitelio sensorial pero si tiene algunas células que han sido descriptas como neuronas receptoras bipolares. La localización y estructura sugieren que el órgano humano puede ser estimulado por compuestos volátiles en vez de por estímulos disueltos en el mucus. No se han identificado los bulbos olfatorios accesorios, a los cuales se proyectan normalmente los nervios del órgano vomeronasal en los mamíferos. Esto lleva a preguntarse a cerca de la función vomeronasal en los humanos. El blanco central del estímulo vomeronasal es, la amígdala, que está presente en los humanos y recibe estímulos quimosensoriales. Probablemente comparte algunas funciones con la amígdala de otros mamíferos pero todavía no esta claro si esto incluye el análisis puramente de estímulos vomeronasales. La abertura se encuentra más arriba en el septo nasal que lo esperado comparado con otras especies. Además, el órgano no tiene la cápsula y grandes vasos sanguíneos característicos de otros mamíferos. El pasaje lleva a un lumen tubular sin un epitelio sensorial grueso. Hay algunas pocas células en el lumen que tienen similitudes con las neuronas receptoras del VNO de otras especies. Estas tienen la apariencia de neuronas bipolares. Sin embargo, parecen carecer de axones. Todavía no se ha demostrado la existencia de conexiones efectivas desde el VNO hacia el cerebro. Se han encontrado fibras nerviosas que corren por debajo del epitelio pero estas pueden pertenecer al Nervus terminalis. Además, el bulbo olfatorio accesorio, que es la terminación normal de los axones de las neuronas receptoras, no se puede distinguir en el cerebro humano.
